PCR过程包括通过一系列的温度变化反复加热和冷却反应，以产生DNA序列的拷贝。通过这个最基本的技术衍生了许多利用此原理的PCR反应：

a、最简单的PCR

现在经常做的菌落PCR，用2*mix体系，扩增大致25个循环左右检测阳性克隆。它的目的就是显示条带所以对保真性没有做要求。同时菌落中质粒模板也是丰富的，扩增的问题不大。

b、两步法PCR

对于扩增片段特别短的，尤其是长度小于600bp的，为了节约时间，可以将退火和延伸合并成一步，温度设定在60℃~68℃。这种反应中引物Tm值不要太低，最好接近60℃。

c、降落PCR

有些基因由于特殊的二级结构或者GC含量等问题，简单的PCR程序不一定能扩增到很特异的片段，降落PCR就是一种解决的办法。这种方法主要是对退火温度进行设定，使得在最初的循环时使用高温度，以保证引物特异性的与目标片段结合（错配会降低配对的稳定性，所以高退火温度能减少错配）。然后，每个循环退火温度都呈梯度下降（退火温度下降，能增加引物和模板的结合，提高扩增效率）。这样，降落PCR可以很好的兼顾产物特异性和扩增效率。

下面举例：

95℃ 5min

95℃ 30sec

65℃ 30sec （设定每个循环温度降低0.3℃）

72℃ 1min （设置循环，循环29次。）

72℃ 5min

d、巢式PCR（nested-PCR）

这个主要是两轮PCR组合起来，前一个PCR的产物作为后面的模版，后一轮PCR的引物要设计在这一模版的内部。这种PCR可以从目的片段含量极低的样品中，得到比较准确的片段。

比如我们扩增比较难扩的cds的时候可以用这个方式。

e、重叠延伸PCR

有时片段过长，可以分段扩增，然后在进行第三轮扩增，这样可以得到比较长的产物。

有时为了引入突变，可以在引物故意引入突变，这样通过重叠延伸PCR就可以将突变引入。

f、反向PCR

在含有T-DNA的水稻插入突变体中，通过抽提突变体总DNA进行酶切并使酶切产物自连，可以得到由T-DNA片段和与其相邻的基因组DNA组成的有效环状DNA分子。由于T-DNA序列是已知的，通过在T-DNA上设计巢式PCR引物，可以迅速扩增上述有效环状DNA分子中与T-DNA相邻的基因组DNA片段，从而分离出T-DNA的侧翼序列

g、TAIL-PCR

TAIL-PCR是一种基于巧妙的PCR程序设计来分离侧翼序列的方法。该方法利用退火温度高的严谨循环来线性富集带有插入元件侧翼序列的目标DNA片段（锚定于插入元件上的特异引物单引物扩增），用退火温度低的非严谨循环来指数型扩增所有目标和非目标DNA片段（特异引物和随机引物配对扩增）。通过由严谨循环和非严谨循环组成的超级循环就能实现插入元件侧翼序列的特异性扩增。