水体富营养化最常见的结果就是导致由于藻类大量繁殖形成的水华现象(图1)。淡水藻类的大部分门类都有形成有害水华的种类，包括属于真核藻类的绿藻、甲藻、隐藻、金藻等，以及属于原核生物的蓝藻(表1)。这些藻类有些产生异味物质，有的产生毒素，但是蓝藻水华的发生范围最广，危害最大，对人类健康的危害也最为严重 。 在富营养水体中"水华"频繁出现。随着水体富营养化的发展，水华面积逐年扩散，持续时间逐年延长。太湖、滇池、巢湖、洪泽湖都有"水华"(蓝藻)，就连流动的河流，如长江最大支流--汉江下游汉口江段中也出现"水华"(硅藻) 。淡水中蓝藻"水华"造成的最大危害是:通过产生异味物质和蓝藻毒素，影响饮用水源和水产品安全，特别是蓝藻的次生代谢产物--微囊藻毒素(Microcystin，简称MC)通过干扰脂肪代谢引起非酒精性脂肪肝 ，长期慢性MC染毒可导致巢湖渔民的肝脏损伤 ，具有促癌效应。此外，MC还可使胆囊变硬与萎缩。因此，日益严重的蓝藻水华所产生的微囊藻毒素对人类健康和生存的威胁正在不断增大 。此外，自来水厂的过滤装置被藻类"水华"填塞，漂浮在水面上的"水华"影响景观，并有难闻的臭味。由于水源地蓝藻水华的堆积与厌氧分解，使自来水出现恶臭，导致水污染事件，譬如，2007年太湖蓝藻污染事件。所以每次发生水华现象都会给人类和自然界带来损失或灾害。
我国深受蓝藻水华折磨的最著名的湖泊有滇池、太湖和巢湖，周边的自来水厂大部分已经关闭，损失惨重，剩下的一些水厂其源水的安全状况也令人堪忧。在过去的 20年，国家和地方政府在"三湖"治理上已耗资数千亿元，但依然挡不住滚滚的"绿波"，乐观的估计还要继续奋斗 20年，悲观的说也许遥遥无期……不仅如此，浩瀚的洞庭湖和鄱阳湖似乎准备赴其后尘，云南秀丽的洱海也即将步入水华的常态化状态…… 。