自20世纪70年代人们才开始逐渐认识到，人类对环境的过度利用严重地破坏了地球的生态环境，仅靠自然界的生物作用再也不能保持地球环境的生态平衡。如何除去、处理、分解过去几十年并且现在仍在不断产生的大量垃圾以及积存的大气、土壤、水体中的有毒物质，是人类面临的严峻挑战。利用生物技术来治理环境污染，具有处理效率高、运行成本低、不存在二次污染等优点，因而受到了人们的极大关注。

传统的资源开发大多数会造成一定的资源和环境问题。首先是资源浪费与破坏,其次是环境污染。传统的化学工业生产过程大多在高温高压下进行，是一个典型的耗能过程并带来环境的严重恶化。如果改用生物技术来生产，不仅可以节约能源还可以避免环境污染。例如用化学方法生产农药，不仅耗能而且污染环境，如果不改变这种资源开发方式将会带来严重的资源与环境问题。利用生物技术进行资源开发可以克服传统技术存在的许多弊端,使资源开发走向可持续发展的道路。 若改用苏云金杆菌生产毒性蛋白，既可节约能源而且该蛋白对人体无毒。

我们还可以利用微生物来降解污染物，而且微生物在治理环境污染方面意义重大。如①利用微生物肥料、微生物杀虫剂或农用抗生素来取代会造成环境恶化的各种化学肥料或化学农药；②利用微生物生产的PHB制造易降解的医用塑料制品以减少环境污染；③利用微生物来净化生活污水和有毒工业污水；④利用微生物技术来监察环境的污染度等。