教材在介绍完有氧呼吸过程后，安排了一个思考与讨论。其中涉及了两个问题，一个问题是让学生了解有氧呼吸生成ATP的能量转化情况，另一个则是比较有氧呼吸和体外燃烧的区别。

新教材此处1mol葡萄糖氧化分解后储存在ATP中的能量数值发生了变化，变化的原因是这样的：1个葡萄糖分子进行有氧呼吸，第一和第二阶段共生成了10个的NADH和2个的FADH₂，同时经由底物水平磷酸化生成4个ATP（其中2个有时是GTP，此处均计算成ATP）。以前认为1个NADH经电子传递链和氧化磷酸化偶联后可以生成3个ATP，而1个FADH₂可以生成2个ATP。因此1个葡萄糖氧化分解生成ATP分子的数量就是10×3＋2×2＋4＝38（若考虑糖酵解产生的2个NADH从细胞质基质运输到线粒体中，要经过穿梭系统，穿梭后2个NADH可能转变为2个FADH₂，则生成ATP的数量为8×3＋4×2＋4＝36）。

现在一般用化学渗透学说来解释线粒体内膜上ATP的生成。NDAH和FADH₂在电子传递过程中释放的能量可以将H⁺转运到线粒体内外膜之间的间隙，这样就在线粒体内膜两侧建立了质子梯度，就像水电站的大坝蓄水。由于这个质子梯度的存在，H⁺倾向于返回线粒体基质，返回过程发生在ATP合酶。ATP合酶就像水电站的发电机一样，水流经发电机发电，H⁺流经ATP合酶生成ATP。