现代进化理论认为，进化是生物种群中实现的，而突变、选择和隔离是生物进化和物种形成过程中的三个基本环节。

种群是生物进化的基本单位

生物进化的基本单位是种群，不是个体。种群是指生活在同一区域内的同种生物个体的总和。一个物种通常包括许多分布在不同地点的种群。每个种群中的个体具有基本相同的遗传基础，但也存在一定的个体差异，所以种群一般具有杂种性，杂种性的存在意味着等位基因的存在。一个种群中能进行生殖的生物个体所含有的全部基因，称为种群的基因库。其中某一基因在它的群补等位基因中所占的比率，称为基因频率。

种群的基因频率若保持相对稳定，则该种群的基因型也保持稳定。但在自然界中种群基因频率的改变是不可避免的，于是基因型也逐渐变化。

突变为生物进化提供材料

突变为生物进化提供材料

突变引起的基因频率的改变是普遍存在的。诚然，突变发生的自然频率是相当低的，但是，种群是由大量的个体组成，每个个体具有成千上万基因，这样，每一代都会产生大量的变异。

突变的结果可形成多种多样的基因型，是种群出现大量可遗传变异。这些变异是随机性的，不定向的，能为生物进化提供原料。

自然选择主导着进化的方向

突变的方向是不确定性的，但一旦产生，就在自然界中受到选择的作用。自然选择不断淘汰不适应环境的类型，从而定向地改变种群中的基因频率向适应环境的方向演化。

自然选择不断地调整着生物与环境的关系，定向地改变种群的基因频率。那么，自然界又如何将改变了的基因频率在种群中相对固定下来，进而形成新的适应于环境的生物类型呢?

隔离是物种形成的必要条件

隔离使不同物种之间停止了基因交流，一个种群中所发生的突变不会扩散到另一个种群中去，使不同的种群朝不同的方向演化。

隔离一般分为地理隔离和生殖隔离两类。地理隔离是由于某些地理障碍而发生的。大河、大山、沙漠、海峡和远距离都能将种群阻隔开来，使他们之间彼此不能往来接触，失去了交配的机会。长期的地理隔离使两个种群分别接触不同的环境，各自积累了变异。另一方面，长期的地理隔离使相互分开的种群断绝了基因交流，结果导致了生殖隔离。生殖隔离是指进行有性生殖的生物彼此之间不能杂交或杂交不育。生殖隔离又可分为受精前的生殖隔离和受精后的生殖隔离。

生殖隔离一旦形成，原来的一个物种的种群就变成两个物种的种群了。

中性进化论

中性突变学说认为:1)基因突变对生物适应性的影响并不是非益即害或非害即益，大多数基因突变是中性的;2)决定生物进化方向的是中性突变的逐渐积累，而不是自然选择。

中性学说以其敢于和达尔文的自然选择学说相抗衡而引起学术界的一片骚动，其影响远远超出了群体遗传学，甚至进化生物学范围。随着分子遗传学的发展，中性学说越来越显示它的正确、有效。它打破了综合进化论在群体遗传学领域里一统天下的局面，也使木村登上了一个新高度，从一个偏重数学的群体遗传学家上升为一个有理论建树的进化生物学家。

间断平衡学说

间断平衡学说认为，物种形成并不都是渐变的过程，而是种群长期稳定与迅速形成新种交替出现的过程。该理论是最早由美国著名古生物学家古尔德(Stephen Jay Gould)提出的一种有关生物进化模式的学说。间断平衡理论对古生物化石缺少中间演化类型进行了新的、系统的解释。间断平衡描述了一个系谱(pedigree)长期所处的静止或平衡状态被短期的、爆发性的大进化所打破，伴随着产生大量新物种。

进化"四因说"

最近，有学者对现代各种进化理论论(拉马克进化论、达尔文进化论、直生论、间断平衡论、综合进化论等)进行了综合，提出了进化"四因说"，认为基因是遗传的质料，基因组储存了生命形成的原则(形式)，个体在初生动因(太阳光能)和次生动因(遗传的、生理的、生态的)的联合驱动下，通过求生(一种次生的目的性)，推动着种族的延绵与分化。进化是以无数个体生命为载体的一种生命运动，它也是一种物质运动形式，虽然比物体的物理学运动要复杂的多。生命存在的实体-个体是质料、形式、动因和目的的统一，其自身是多种生命层次运动的复合，也是诸多类型运动的复合，这些进一步形成了种族的生命运动-演化或进化。