杂交水稻(hybrid rice)指选用两个在遗传上有一定差异，同时它们的优良性状又能互补的水稻品种，进行杂交，生产具有杂种优势的第一代杂交种，用于生产，这就是杂交水稻。杂种优势是生物界普遍现象，利用杂种优势提高农作物产量和品质是现代农业科学的主要成就之一。世界上首次成功的水稻杂交是由美国人 Henry Beachell 在1963年于印度尼西亚完成的，后被授予1996年的世界粮食奖。

水稻具有明显的杂种优势现象，主要表现在生长旺盛，根系发达，穗大粒多，抗逆性强等方面，因此，利用水稻的杂种优势以大幅度提高水稻产量一直是育种家梦寐以求的愿望。但是，水稻属自花授粉植物，雌雄蕊着生在同一朵颖花里，由于颖花很小，而且每朵花只结一粒种子，因此很难用人工去雄杂交的方法来生产大量的第一代杂变种子，所以长期以来水稻的杂种优势未能得到应用。

2019年10月，第三代杂交水稻在湖南省衡阳市衡南县清竹村以首次公开测产方式全面亮相。

与三系法杂交水稻相比，两系法杂交水稻的优点是配组自由、育种程序简化、育种周期缩短、不育系多样化，缺点是不育系繁殖和组合制种受到时空条件的限制。在1987年两系法杂交水稻研究列入国家“863”计划和袁隆平发表“杂交水稻育种的战略设想”以后，两系法杂交水稻的育种在全国广泛展开。1988年第一个进入生产性实验的两系杂交粳稻组合是N5047S/R9-1，到2000年全国通过省级和地市级审定的两系法杂交稻品种只有27个，累计推广面积在300万公顷左右，是一个发展比较慢的时期。2001年以两优培九为代表的4个两系法杂交水稻品种通过国家审定以后，两系法杂交水稻进入快速发展的时期。到2015年，通过国家审定的两系法杂交水稻135个、通过省级审定的两系法杂交稻品种816个(次)(http：//www.ricedata.cn/variety/)。1996年推广面积18.05万公顷， 占杂交水稻种植面积的0.92%，到2013年推广面积发展到544.04万公顷，占杂交水稻种植面积的33.59%，18年间两系杂交稻面积扩大了30倍。其中推广面积最大的组合是两优培九(培矮64S/9311)，累计推广面积超过800万公顷。目前，全国20个水稻种植省市，都有两系杂交水稻种植，主要是籼型两系杂交稻，年推广面积超过100万公顷的有湖南、湖北、安徽三省，其中安徽和湖北，两系杂交稻面积已经超过三系杂交稻面积。